Заслуженный артист Российской Федерации.
В 1979 году окончил Театральное училище имени Бориса Щукина (курс Веры Константиновны Львовой, Евгения Рубеновича Симонова) и был принят в труппу Государственного академического театра имени Е. Б. Вахтангова.
В разное время играл в спектаклях РАМТа, Театра Сатиры, Театра Наций, в 2026 году вернулся в труппу Театра имени Евгения Вахтангова.
Доцент Театрального института имени Бориса Щукина кафедры «Мастерство актера».
В кино Юрий Нифонтов начал сниматься с 1979 года. Сыграл более 150 ролей в таких известных картинах, как «Хрусталёв, машину!», «Время первых», «Гардемарины, вперед!», «Азазель», «Трудно быть богом»; в популярных сериалах «Физрук», «Кухня», «Вольф Мессинг: видевший сквозь время». Сыграл главные роли в кинофильмах «Ужас, который всегда с тобой», «1814», «Отряд», «Одна любовь души моей», «Старик и Вера».
С 2026 года – приглашённый артист театра «Современник».